(1)在初級代謝產物推理育種中的應用 利用營養缺陷型來阻斷代謝流或切斷支路代謝．使代謝途徑朝著有益產物合成方向進行，還可以解除協同反饋效應，以積累支路代謝某一末端產物。
①在直線式生物合成途徑中，營養缺陷型不能累積終產物，只能累積中間產物。一個典型的例子是谷氨酸棒狀桿菌的精氨酸缺陷型突變株進行鳥氨酸發酵。由于合成途徑中酶⑥的缺陷，導致必須供應精氨酸和胍氨酸，菌株才能生長。但這兩種氨基酸的供應要維持在亞適量水平，使菌體維持較高水平，而又不引起終產物對酶②的反饋抑制，從而使鳥氨酸得以大量分泌累積。ELISA試劑盒
②在分支式生物合成途徑中，營養缺陷型導致協同反饋調節某一分支代謝途徑的代謝阻斷，使這一途徑的終產物不能合成。例如次黃嘌呤核苷酸(肌苷酸)產生菌是棒狀桿菌和短桿菌的腺嘌呤缺陷菌株，其合成途徑中酶③失活，控制*補給腺嘌呤核苷酸，可解除腺嘌呤核苷酸對酶①的反饋調節，由于腺嘌呤核苷酸和鳥嘌呤核昔酸對酶①是協同反饋調節，故代謝流偏向鳥嘌呤核苷酸這一分支途徑。但鳥嘌呤核苷酸對酶②有反饋抑制和反饋阻遏作用，故肌苷酸得以分泌累積達12．8g／L。如果進一步使酶④缺失，則可使黃嘌呤核苷酸積累達6g／L。
賴氨酸菌株之一是一株高絲氨酸缺陷菌株，由谷氨酸的北京棒狀桿菌ASl．299經硫酸乙二酯誘變處理后經篩選獲得的。可知，由于高絲氨酸脫氫酶的基因發生突變，導致合成高絲氨酸的代謝途徑阻斷，消除了蘇氨酸和賴氨酸對天冬氨酸激酶的擠同反饋抑制，并使代謝流*流向賴氨酸方向，使賴氨酸產量大幅度提高。
(2)在次級代謝產物推理育種中的應用 營養缺陷型導致初級代謝或次級代謝途徑阻斷，因此大多數導致能力下降；但在初級代謝產物和次級代謝產物的分支代謝途徑中，營養缺陷型切斷初級代謝支路有可能使抗生素增產。ELISA試劑盒
抗生素產生菌除了產生抗生素外，同時也產生初級代謝產物。當初級代謝途徑發生營養缺陷型突變時，有時引起抗生素的超產。如四環素、制霉菌素產生菌的脂肪酸缺陷型可增產抗生素。又氯酶素產生菌的芳香族氨基酸營養缺陷型導致氯霉素超產。
利用營養缺陷型還可以產生新產品，如金霉素產生菌的甲硫氨酸缺陷型，可以產生去甲基金霉素。
一、滲漏缺陷型在推理育種中的應用
滲漏缺陷型是一種特殊的營養缺陷型．是一種遺傳性代謝障礙不*的突變型。其特點是酶的活力下降而不*喪失，并能在基本培養基上少量生長。在MM上生長特別慢而菌落小。既能少量地合成代謝產物，又不造成反饋抑制。滲偏缺陷型的優點是不必添加*的缺陷營養物。ELISA試劑盒
篩選方法：把大量營養缺陷型菌株接種在基本培養基上，挑選生長特別慢而菌落小的。
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